مجاہدین خلق ادارہ یا تنظیم تاسیس کے زمانہ ہی سے آقا طالقانی، آقا منتظری، ہاشمی اور لاہوتی جیسے کچھ روشن فکر انقلابی روحانیوں کی کھل کھلا اور صرح حمایت کا مرکز رہی ہے۔ اگرچہ ان کی حمایت اور رابطہ کی میزان فرق کرتی تھی۔ اسی طرح نجف میں حضرت امام خمینی (رح) کے چاہنے والے جیسے آقا دعائی اور آقا شہید محمد منتظری اس ادارہ کے حامیوں میں شمار ہوتے تھے۔
یہ حمایت سن 53 ھ تک یعنی جب تک اس کی آبرو محفوظ تھی اور اس کا راز فاش نہیں ہوا تھا اور ضمنی طور پر رہی تھی۔ البتہ یاددہانی کراوں کہ اس ادارہ کی روحانیوں کی حمایت کا مطلت ان کی معنوی اور تبلیغی حمایت تھی۔ اگر چہ کبھی کبھی علماء کی طرف سے مالی حمایت بھی ہوتی تھی۔ اس ادارہ کی اسی مالی امداد اور حمایت کی وجہ سے جب زندان میں تھے تو ساواک کو یہ بات معلوم ہوچکی تھی کہ ان لوگوں کا اس ادارہ کے ساتھ تعاون ہے تو ان افراد پر ساواک کا شکنجہ سخت ہوا۔