امام خمینی (رح) گذشتہ اساتذہ کے اقوال پر تنقید کرنے میں اور فقہاء و اصولیوں کے مطالب کا جائزہ لینے میں بہت دقت کرتے تھے اور شخص کی عظمت آپ کے موشگافی کرنے سے مانع نہیں ہوتی تھی بلکہ آپ اشکال کرتے تھے. بارہا ایسا ہوا ہے کہ بعض لوگ کہتے تھے کہ آپ جو مرحوم نائینی کی طرف جو یہ نسبت دے رہے ہیں انہوں نے یہ بات نہیں کہی ہے بلکہ آپ کی مراد کچھ اور ہے۔ امام کہتے تھے: مجھے شخص سے کوئی بحث نہیں ہے یہ بات جس کی بھی ہو اس پر یہ اشکال ہے۔
آپ کوشش کرتے تھے کہ طالب اس طرح ہو که محقق ہو اور قائل کی عظمت اس کی آنکھ پر پردہ نہ ڈالے اور اس کے ذہن کو خلاقیت سے نہ روکے۔ لہذا امام کے بہت سارے شاگرد اس خصلت کے ساتھ پروان چڑھے ہیں۔