ایک فرق یہ تھا کہ امام خمینی (رح) اس عظیم تحریک اور قیام کا سلسلہ جنبانی کرنے والوں میں تھے اور تمام طلاب، علماء اور سارے انقلابی آپ کے قیام اور تحریک کے ساتھ اٹھ کھڑے ہوئے لیکن دیگر تمام مراجع محرک نہیں تھے اور مراجع ثلاثہ کے درمیان آیت اللہ العظمی گلپائگانی کا امتیاز یہ تھا کہ آپ عوام،علماء اور معاشرہ کے پاکیزہ لوگوں کی درمیان آقائے شریعتمدار سے زیادہ اثر ورسوخ رکھتے تھے۔ ان دونوں کے درمیان ایک فرق یہ بھی تھا کہ آیت اللہ گلپائگانی کا اعلانیہ جھنجوڑنے والا ہوتا تھا اور شاہی حکومت کے مقابلہ میں آپ کا موقف زیادہ واضح اور شدید اللحن ہوتا تھا لیکن شریعتمداری نرم ہوتا اور اس میں اس بات کی کوشش نظر آتی کہ حکومت کے بڑے بڑے جرائم کا سبب اس کے نادان مامورین ہیں۔ نتیجتا اس قسم کے رویہ سے شاہ پاک و صاف ہوجاتا ہے۔ اسی وجہ سے امام خمینی (رح) نے حکومت سے اپنے ٹکراؤ کے آخری مہینوں میں ایک اعلانیہ میں اس نظریہ کی شدت کے ساتھ مذمت کی اور فرمایا: جو شخص بھی حکومت کے جرائم کو مامورین کی طرف منسوب کرے در حقیقت وہ خیانت کررہا ہے اور آپ (رح) نے تاکید کیا کہ "مرگ بر شاہ " کا نعرہ حکومت کی نابودی تک جاری رہنا چاہیئے۔ امام (رح) کی یہی روش باعث ہوتی کہ آقای شریعتمداری بھی شاہ اور حکومت کے خلاف شدید موقف اختیار کریں۔