آپ(ع) اگرچہ گوشہ نشینی کی زندگی بسر فرما رہے تھے لیکن آپ کے روحانی اقتدار کی وجہ سے بادشاہ اموی، ولید بن عبدالملک مروان نے آپ کو زہر سے مسموم کیا۔ آپ بتاریخ ۲۵/ محرم الحرام ۹۵ھ مطابق ۷۱۴ کو درجہ شہادت پر فائز ہوگئے۔
امام محمد باقر علیہ السلام نے نماز جنازہ پڑھائی اور آپ مدینہ کے جنت البقیع میں دفن کردئیے گئے۔
ملا جامی تحریر فرماتے ہیں: آپ کی شہادت کے بعد آپ کا ناقہ قبر پر نالہ و فریاد کرتا ہوا تین روز میں مرگیا۔ شواہد النبوت ص۱۷۹، شہادت کے وقت آپ کی عمر ۵۷/ سال کی تھی)۔
امام خمینی اپنے ساتهیوں کے ساتھ نجف اشرف وارد ہوئے۔ مقامی لوگ پر جوش استقبال کیلئے سڑکوں پر نکلیں، ساتھ ہی نجف کے مراجع اور علما بهی آپ سے ملاقات کیلئے تشریف لائیں۔
15ـ اکتوبر1965