إثر المضايقات التي تلقاها السيد الحكيم (بسبب مناصرته للشعب الايراني في قضية الخلافات الحدودية بين ايران و العراق، والتي أدّت الی نفي سماحته الی بغداد) ابتعد العراقيون من حوله بسبب الخوف و الرعب من ازلام النظام البعثي، وتركوه وحيداً. فأصبح السيد الحكيم حبيس البيت، فلم يخرج من المنزل ولم يلتق الناس. فأدرك الامام أن قرار السيد الحكيم هذا يصب لصالح الحكومة العراقية ،لأنه كلما ابتعد عن المجتمع كلما قلّ اهتمام الناس به، وفي هذه الحالة يقل احتمال أن يكون ردّ فعل الناس لصالحه. وفي 25/3/1348 شمسي ذهب الامام الی لقاء السيد الحكيم فيالكوفة. وخلال حواره معه اوضح له الامام بأن اعتزال الناس والبقاء حبيس البيت، يتعارض مع المصلحة العامة. إذ ينبغي للمرجع والزعيم أن يكون بين الناس في جميع الظروف، وأن لا يسمح بقطع ارتباطه بهم، ودعاه الی أن يختار الاقامة في النجف الی جانب المرجعية بدلاً من الاقامة في الكوفة، وأن يدع باب المنزل مفتوحاً أمام الناس. فوافق المرحوم الحكيم علی هذا الاقتراح بنحو ما. إذ بقي في الكوفة، إلاّ أنه كان يأتي في أيام الجمعة من كل اسبوع الی النجف،و يتشرف بزيارة مرقد الامام امير المؤمنين (عليه السلام).
(مقتطفات من سيرة الامام الخميني، ج5،ص56).